O Tribunal de Contas da União (TCU) constatou irregularidades nas cobranças de valores de pedágio e na demora do término das obras na BR-101 previstas no contrato assinado pela Autopista Litoral Sul. Os documentos elaborados pelo TCU também apontam que, mesmo com o pagamento do pedágio, a rodovia tem péssima qualidade. O trabalho apontou ainda a demora na conclusão de obras obrigatórias, como o contorno viário de Florianópolis que sequer começou e que, agora, o TCU determinou que a obra seja construída até fevereiro de 2015.
O relatório mostra ainda a elevação da tarifa paga pelo usuário. A empresa alegava que os valores são em decorrência de encargos referentes à administração, à operação e à conservação das vias laterais pavimentadas. Porém, a auditoria verificou que esses encargos deveriam estar embutidos no orçamento base da licitação, dentro da proposta apresentada pela concessionária, que incluía as pistas, canteiros, obras de arte, acostamentos, sinalização e vias marginais.
Os ministros do Tribunal de Contas da União também vão exigir providências da Agência Nacional de Transportes Terrestres (ANTT), que deveria fiscalizar a concessão. O TCU avaliou que há falhas na fiscalização do contrato de concessão. São especificados ainda os problemas como falta de exigência em relação aos planejamentos, relatórios, dados e os prazos para correção de defeitos. Também foi relatado que os procedimentos de fiscalização da ANTT não são ágeis e não empregam os recursos modernos da tecnologia de informação.